| S1 | - 12 dicembre 2004: Saronno - Milano Porta Vittoria
- 15 giugno 2008: Saronno - Milano Passante - Milano Rogoredo
- 14 giugno 2009: Serenella ridenominata Garbagnate Parco Groane
- 13 dicembre 2009: Saronno - Milano Passante (nelle ore di punta prolunga a Lodi)
- 1º maggio 2011: nuova gestione Trenord
- 13 giugno 2011: Saronno - Milano Passante - Lodi
| ex FNMT |
| S2 | - 12 dicembre 2004: Mariano Comense - Milano Porta Vittoria
- 15 giugno 2008: Mariano Comense - Milano Passante - Milano Rogoredo
- 26 marzo 2011: nuova stazione Milano Affori in sostituzione della precedente
- 1º maggio 2011: nuova gestione Trenord
- 12 giugno 2011: nuova stazione Cesano Maderno in sostituzione della precedente
- 15 dicembre 2013: Seveso - Milano Passante - Milano Rogoredo
- 25 ottobre 2014: nuova stazione Milano Bruzzano Parco Nord in sostituzione della precedente
- 26 aprile 2015: nuova stazione Cormano-Cusano Milanino in sostituzione delle stazioni Cormano-Brusuglio e Cusano Milanino
| ex FNMT |
| S3 | - 12 dicembre 2004: Saronno - Milano Cadorna
- 14 giugno 2009: Serenella ridenominata Garbagnate Parco delle Groane
- 1º maggio 2011: nuova gestione Trenord
| ex FNMT |
| S4 | - 12 dicembre 2004: Seveso - Milano Cadorna
- 19 febbraio 2006: Camnago-Lentate/Seveso - Milano Cadorna
- 26 marzo 2011: nuova stazione Milano Affori in sostituzione della precedente
- 1º maggio 2011: nuova gestione Trenord
- 12 giugno 2011: nuova stazione Cesano Maderno in sostituzione della precedente
- 15 dicembre 2013: Camnago-Lentate - Milano Cadorna
- 25 ottobre 2014: nuova stazione Milano Bruzzano Parco Nord in sostituzione della precedente
- 26 aprile 2015: nuova stazione Cormano-Cusano Milanino in sostituzione delle stazioni Cormano-Brusuglio e Cusano Milanino
| ex FNMT |
| S5 | - 12 dicembre 2004: Varese - Milano Porta Vittoria
- 15 giugno 2008: Varese - Milano Passante - Milano Rogoredo
- 1º luglio 2008: nuova gestione in ATI Trenitalia-LeNord-ATM
- 22 aprile 2009: Rho Fiera Milano
- 13 dicembre 2009: Varese - Milano Passante - Treviglio
- 1º maggio 2011: nuova gestione Trenord
- 14 dicembre 2014: Rho Fiera Milano ridenominata Rho Fiera Expo Milano 2015
- 9 maggio 2015: nuova stazione Milano Forlanini
- 13 dicembre 2015: Rho Fiera Expo Milano 2015 ridenominata Rho Fiera
| ex Trenitalia |
| S6 | - 12 dicembre 2004: Novara - Milano Porta Vittoria
- 15 giugno 2008: Novara - Milano Passante - Milano Rogoredo
- 22 aprile 2009: Rho Fiera Milano
- 14 giugno 2009: Pregnana Milanese
- 13 dicembre 2009: Novara - Milano Passante - Pioltello-Limito (nelle ore di punta prolunga a Treviglio)
- 1º maggio 2011: nuova gestione Trenord
- 14 dicembre 2014: Rho Fiera Milano ridenominata Rho Fiera Expo Milano 2015
- 9 maggio 2015: nuova stazione Milano Forlanini
- 13 dicembre 2015: Rho Fiera Expo Milano 2015 ridenominata Rho Fiera
| ex Trenitalia |
| S7 | - 14 dicembre 2014: Lecco - Molteno - Monza - Milano Porta Garibaldi
| — |
| S8 | - 13 dicembre 2009: Lecco - Carnate - Monza - Milano Porta Garibaldi
- 1º maggio 2011: nuova gestione Trenord
| ex Trenitalia |
| S9 | - 24 dicembre 2004: Seregno - Milano Lambrate - Milano San Cristoforo
- 19 giugno 2006: nuova stazione Milano Romolo
- 1º maggio 2011: nuova gestione Trenord
- 12 giugno 2011: Seregno - Milano Lambrate - Albairate-Vermezzo
- 9 dicembre 2012: Saronno - Seregno - Milano Lambrate - Albairate-Vermezzo
- 22 giugno 2013: nuova stazione Cesano Maderno Groane
- 9 maggio 2015: nuova stazione Milano Forlanini
- 10 dicembre 2018: soppresse le stazioni Ceriano Laghetto Groane e Cesano Maderno Groane
- 11 dicembre 2022: nuova stazione Milano Tibaldi
- 13 ottobre 2025: nuova stazione Scalo Romana in sostituzione della stazione Porta Romana
| ex TiLo |
| S10 | - 12 dicembre 2004: Milano Bovisa - Milano Porta Vittoria
- 15 giugno 2008: Milano Bovisa - Milano Passante - Milano Rogoredo
- 1° febbraio 2010: Malpensa Aeroporto - Milano Bovisa - Milano Passante - Milano Rogoredo
- 12 dicembre 2010: Garbagnate Milanese - Milano Bovisa - Milano Passante - Milano Rogoredo
- 1º maggio 2011: nuova gestione Trenord
- 11 dicembre 2011: soppressa (sostituita dalla linea S13)
| ex FNMT |
| S11 | - 13 dicembre 2009: Chiasso - Como - Milano Porta Garibaldi
- 1º maggio 2011: nuova gestione Trenord
- 26 aprile 2015: Chiasso - Como - Milano Porta Garibaldi - Rho
- 1º novembre 2015: Chiasso - Como - Milano Porta Garibaldi (alcune corse prolungano a Rho)
- 13 giugno 2021: nuova stazione Como Camerlata in sostituzione della stazione Albate-Camerlata
- 14 dicembre 2025: Como San Giovanni - Milano Porta Garibaldi (alcune corse prolungano a Rho)
| ex TiLo |
| S12 | - 12 settembre 2016: Milano Bovisa - Milano Passante - Melegnano
- marzo 2020: sospesa
- 28 agosto 2023: Milano Bovisa - Milano Passante - Melegnano
- 10 giugno 2024: Cormano-Cusano Milanino - Milano Passante - Melegnano
- 15 dicembre 2024: Milano Bovisa - Milano Passante - Melegnano
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| S13 | - 11 dicembre 2011: Milano Bovisa - Milano Passante - Pavia
- 9 giugno 2013: nuova stazione Pieve Emanuele
- 10 giugno 2024: Garbagnate Milanese - Milano Passante - Melegnano
- 15 dicembre 2024: non ferma nelle stazioni Garbagnate Parco Groane, Bollate Nord, Novate Milanese e Milano Quarto Oggiaro
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| S14 | - 26 aprile 2015: Rho - Milano Passante - Milano Rogoredo
- 1º novembre 2015: soppressa
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| S19 | - 14 dicembre 2025: Albairate-Vermezzo - Milano San Cristoforo - Milano Rogoredo
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